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응용화학공학과

FACULTY
김동명
  • 이학박사
  • 김동명
  • Dong-Myung Kim, Ph.D.
  • 학사(1989) : 서울대학교 공과대학 공업화학과 (공학학사)
  • 석사(1991) : 서울대학교 공과대학 공업화학과 (공학석사)
  • 박사(1996) : 서울대학교 협동과정 생물화학공학 (공학박사)
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관심분야

  • 무세포 합성 생물학 (Cell-free synthetic biology)

  • 생물학적 부품들의 합성, 엔지니어링 및 조합을 통해 생명체에 새로운 기능을 부여하고 이를 산업적으로 응용하고자 하는 합성생물학 기술이 최근 각광을 받고 있다. 그러나, 자연상태의 세포는 자신의 생존과 증식을 위해 세포 내 환경을 일정하게 유지해야 하므로 인위적으로 도입된 유전자에 의한 기능의 구현에 제약을 받을 수밖에 없다. 본 연구실에서는 살아있는 세포를 사용하는 대신 세포막이 제거된 상태의 세포 내 환경을 모사하여 외부로부터 도입된 유전자 발현의 플랫폼으로 사용함으로써 기존의 제약조건으로부터 자유롭게 새로운 생물학적 기능을 탐색하고 개발하는 무세포 합성생물학 연구를 수행하고 있다.

  • 세포 합성 기구를 이용한 고감도 분자진단 기술 개발

  • 세포는 자신의 증식을 위하여 DNA, RNA, 단백질을 합성하는 다양한 합성기구들을 갖추고 있다. 이러한 세포물질들의 합성은 본질적으로 DNA상의 정보가 다른 형태로 증폭되는 과정으로 이해될 수 있다. 본 연구실에서는 이러한 세포 합성 기구들을 분자진단과정에서의 신호증폭 메카니즘으로 사용함으로써 기존 분자진단 기술들의 민감도를 향사시키고 편의성을 증대시키는 연구를 진행하고 있다.

경력

  • 1997-1998 : Genentech, Post-doc
  • 1998-2000 : Stanford University, Post-doc
  • 2000-2002 : Roche Diagnostics, Principal Scientist
  • 2002-2003 : Roche Diagnostics, Research Director
  • 2003-present : Chungnam National University, Korea

연구업적

  • Jang, Y.J., Lee, K.H., Yoo, T.H. and Kim, D.-M.* (2019) Interfacing a personal glucose meter with cell-free protein synthesis for rapid analysis of amino acids. Anal. Chem., in press.
  • Moon, B.J., Lee, K.H. and Kim, D.-M.* (2019) Effects of ATP regeneration systems on the yields and solubilities of cell-free synthesized proteins. J. Ind. Eng. Chem., in press.
  • Byun, J.Y., Lee, K.H., Shin, Y.B. and Kim, D.-M.* (2019) Cascading amplification of immunoassay signals by cell-free expression of firefly luciferase from detection antibody-conjugated DNA in an Escherichia coli extract. ACS Sens., in press.
  • Ko, S.Y., Lee, K.H. and Kim, D.-M.* (2018) Detergent-assisted enhancement of the translation rate during cell-free synthesis of peptides in an Escherichia coli extract. Biotechnol. Bioprocess Eng., in press.
  • Yi, T., Lim, H.J., Lee, S.J., Lee, K.H. and Kim, D.-M.* (2018) Synthesis of (R,R)-2,3-butanediol from starch in a hybrid cell-free reaction system. J. Ind. Eng. Chem., 67: 231-235.
  • Yeom, S.J., Kim, M.J., Kwon, K.K., Fu, Y. Rha, Y.J., Park, S.H., Lee, H.W., Kim, H.S., Lee, D.H., Kim, D.-M. and Lee, S.G.* (2018) A synthetic microbial biosensor for high-throughput screening of lactam biocatalyst. Nat. Commun., 9: 5053-5053.
  • Zhara, Z., Kim, S.Y., Kim, H.Y., Lee, H.H., Lee, H.Y., Jeon, J.Y., Kim, D.M., Hong, S.J., Kim, D.-M., Lee, H.K., Lee, C.G., Muhammad, A. and Choi, H.K.* (2018) Phycobiliproteins production enhancement and lipidomic alteration by titanium dioxide nanoparticles in Synechocystis sp. PCC 6803 culture. J. Agric. Food Chem., 66: 8522-8529.
  • Lim, H.J., Lee, K.H. and Kim, D.-M.* (2018) Rapid determination of effective folding agents by sequential cell-free protein synthesis. Biochem. Eng. J., 138: 106-110.
  • Lee, K.H. and Kim, D.-M.* (2018) Recent advances in development of cell-free protein synthesis systems for fast and efficient production of recombinant proteins. FEMS Microbiol. Lett., 365: 174-174.
  • Yeom, S.J., Kim, M.J., Kim, S.G., Lee, D.H., Kwon, K.K., Lee, H.W., Kim, H.S., Kim, D.-M., Lee, S.G.* (2018) Molecular and biochemical characterization of a novel isoprene synthase from Metrosideros polymorpha. BMC Plant Biol., 18: 118-118.
  • Park, Y.J., Lee, K.H., Baek, M.S. and Kim, D.-M.* (2017) High-throughput engineering of initial coding regions for maximized production of recombinant proteins. Biotechnol. Bioprocess Eng., 22: 497-503.
  • Jang, Y.J., Lee, K.H., Yoo, T.H.* and Kim D.-M.* (2017) Complementary cell-free translational assay for quantification of amino acids. Anal. Chem., 89: 9638-9642.
  • Kasi, D., Catherine, C., Lee, S.W., Lee, K.H., Kim, Y.J., Lee, M.R., Ju, J.W.* and Kim, D.-M.* (2017) Cell-free translational screening of an expression sequence tag of Clonorchis sinensis for novel antigen discovery. Biotechnol. Prog., 33: 832-837.
  • Kasi, D., Nah, H.J., Catherine, C., Kim, E.S., Hahn K., Ha, J.C. and Kim, D.-M.* (2017) Enhanced production of soluble recombinant proteins with an in situ-removable fusion partner in a cell-free synthesis system. Biotechnol. J., 12: 1700125.
  • Park, Y.J., Lee, K.H. and Kim, D.-M.* (2017) Assessing translational efficiency by a reporter protein co-expressed in a cell-free synthesis system. Anal. Biochem., 518: 139-142.
  • Kwon, J.H., Lee, K.H. and Kim, D.-M.* (2017) Direct translational analysis of electrophoretically separated DNA using a cell-free protein synthesis. J. Ind. Eng. Chem., 45: 237-240.
  • Praveenkumar, R., Kim, B., Lee, J., Vijayan, D., Lee, K., Nam, B., Kim, D.-M. and Oh, Y.K.* (2016) Mild pressure induces accumulation of neutral lipid (triacylglycerol) in Chlorella spp. Bioresource Technol., 222: 661-665.
  • Kim, B., Praveenkumar R., Lee, J., Nam, B., Kim, D.-M., Lee, K., Lee, Y.-C. and Oh, Y.K.* (2016) Magnesium amnoclay enhances lipid production of mixotrophic Chlorella sp. KR-1 while reducing bacterial populations. Bioresource Technol., 219: 608-613.
  • Kim, E., Song, M.C., Kim, M.S., Beom J.Y., Lee, Y.E., Kim, D.-M., Nam, S.-J. and Yoon, Y.J. (2016) Characterization of the two methylation steps involved in the biosynthesis of mycinose in tylosin. J. Nat. Prod., 79: 2014-2021.
  • Bae, J-S., Jeon, E., Moon, S.-Y., Oh, W., Han, S.-Y., Lee, J.H., Yang, S.Y.*, Kim, D.-M. and Park, J.-W.* (2016) Angew. Chem. 55: 11495-11498.
  • Lee, K.B., Hou, C.Y., Kim, C.-E., Kim, D.-M., Suga, H. and Kang T.J.* (2016) Genetic code expansion by degeneracy reprogramming of arginyl codons. (2016) Chembiochem. 17: 1-5.
  • Min, S.-E., Lee, K.-H., Park, S.-W., Yoo, T.H., Oh, C.H., Park, J.-H., Yang, S.Y., Kim, Y.-S. and Kim, D.-M.* (2016) Biotechnol. Bioeng. 113: 2107-2112.
  • Lim, H.J., Park, Y.J., Jang, Y.J., Choi, J.E., Oh, J.Y., Park, J.H. Song, J.K.* and Kim, D.-M.*(2016) Cell-free synthesis of functional phospholipase A1 from Serratia sp. Biotechnol. Biofuels 9: 159.
  • Lee, K.-H., Catherine, C. and Kim, D.-M.* (2016) Enhanced production of unnatural amino acid-containing proteins in a cell-free protein synthesis system. J. Ind. Eng. Chem. 37: 90-94.
  • Lee, K.-H., Min, S.-E., Kim, H., Lee, S.-G. and Kim, D.-M.*(2016) A molecular nanodevice for targeted degradation of mRNA during protein synthesis. Sci. Rep. 6: 20733.
  • Kim, H.-C., Kim, K.-S, Kang, T.-J., Choi, J.H., Song, J.J., Choi, Y.H., Kim, B.-G. and Kim, D.-M.* (2015) Implementing bacterial acid resistance into cell-free protein synthesis for buffer-free expression and screening of enzymes. Biotechnol. Bioeng. 112: 2630-2635.
  • Catherine, C., Lee, S.-W., Ju, J.W., Kim, H.-C., Shin, H.-I., Kim, Y.J. and Kim, D.-M.* (2015) Cell-free expression and in situ immobilization of parasite proteins from Clonorchis sinensis for rapid identification of antigenic candidates. PLOS ONE 10: e0143597.
  • Kim, J., Choi, D.-K., Park, S.-W., Shin, S.-M., Bae, J., Kim, D.-M., Yoo, T.H. and Kim, Y.-S.* (2015) Quantitative assessment of cellular uptake and cytosolic access of antibody in living cells by an enhanced split GFP complementation assay. Biochem. Biophys. Res. Commun. 467: 771-777.
  • Catherine, C., Oh, S.J., Lee, K.-H., Min, S.-E., Won, J.-I., Yun, H. and Kim, D.-M.*(2015) Engineering thermal properties of elastin-like polypeptide by incorporation of unnatural amino acids i

특허

  • Kim, D.-M., Kang, T.J., Kim, H.C., Lee, K.B. US Patent 10,088,493 “Method for cell-free protein synthesis involved with pH control with amino acid decarboxylase”, issued 10/02/2018.
  • 김동명, 나희주, 한규범, 하종천, 이정현. 대한민국특허 10-1841081. "아미노산 공급원으로 효모 추출물을 이용하는 무세포 단백질 합성방법", 2018.03.16.
  • 김동명, 강택진, 김호철, 이기백. 대한민국특허 10-1671688. "효소를 이용하여 pH를 조절하는 무세포 단백질 합성 방법", 2016.10.27.
  • 김동명, 이경호, 김용성, 민승의. 대한민국특허 10-1667023. "무세포 단백질 합성 방법을 이용하여 생산된 항체의 세포질 내로의 유입을 간편하게 분석하는 방법", 2016.10.11.
  • 김동명. 대한민국특허 10-1644906. "단일용기내에서 합성된 전사체 또는 단백질과 타겟 세포와의 상호작용을 분석하는 방법", 2016.07.27.
  • 김동명, 이경호. 대한민국특허 10-1506596. "유전자가 접합된 마이크로비드 및 겔 메트릭스를 이용한 무세포 단백질 발현 및 동소 고정화 방법", 2015.03.23.
  • 김동명, 송재광, 박창길, 권민아, 권용찬, 송봉근. 대한민국특허 10-1176802. "효소활성이 증가된 신규한 리파아제 변이체", 2012.08.20.
  • 김동명, 유성준, 이경호, 임성묵, 박성범, 김창용, 안재온. 대한민국특허 10-1161786. "번역효율 증가제로서 계면활성제를 포함하는 무세포 단백질 합성계에서 펩타이드를 합성하는 방법 및 이를 위한 조성물", 2012.06.26.
  • 김동명, 김경온, 이미지. 대한민국특허 10-1071069. "단백질 어레이의 동소생성을 위한 지지체 및 유전자 어레이, 이로부터 얻어지는 단백질 어레이 및 이의 제조 및 사용", 2011.09.30.
  • 김동명, 권용찬. 대한민국특허 10-0966655. "무세포 단백질 합성을 위한 트랜스아미나제의 활성스크리닝 방법 및 키트", 2010.06.21.
  • 김동명, 안진호, 금정원. 대한민국특허 10-0961565. "목적하는 단백질 발현 수준을 제공하는 초기 코돈의 발굴방법 및 이를 이용한 재조합 단백질의 발현 조절 방법 및 생산", 2010.05.27.
  • 김동명, 김태완, 박창길, 최차용. 대한민국특허 10-0733712. "무세포 단백질 합성용 세포 추출액 제조 및 이를 이용한 단백질 합성법", 2007.06.23.
  • Choi, C.-Y., Kim, D.-M., and Jung, G.-Y., U.S. Patent 5,593,856. "Methods for producing protein in a cell-free system", issued 01/14/1997.
  • Swartz, J.R. and Kim, D.-M, U.S. Patent 6,168,931. "In vitro protein synthesis using ATP regeneration system", issued 01/02/01.
  • Swartz, J.R. and Kim, D.-M., U.S.Patent 6,337,191. "In vitro synthesis using glucose or glycolytic intermediates as an energy source". Issued 01/08/2002.
  • Swartz, J.R. and Kim, D.-M., U.S.Patent 6,548,276 "Enhanced in vitro synthesis of active proteins containing disulfide bonds". Issued 04/15/2003.
  • Swartz, J.R. and Kim, D.-M. U.S.Patent 6,994,986 "In vitro synthesis of polypeptides by optimizing amino acid metabolism." Issued 02/07/2006.
  • Swartz, J.R. and Kim, D.-M. US Patent 7,041,479 "Enhanced in vitro synthesis of active proteins containing disulfide bonds." Issued 05/09/2006.