이름
김민수
연구실
생명시스템과학대학 603호, 미생물생태학연구실(N11-603호)
주요학력
학사(2008): 경상대학교 생명과학부 (이학사)
석사(2010): 과학기술연합대학원대학교 청정화학 및 생물학 (이학석사)
박사(2015): 경희대학교 나노의약생명과학과 (이학박사)
관심분야
환경 바이러스 생태 연구
인체 소화기관, 과채류, 발효식품, 거주환경, 해수, 담수, 토양 등에 존재하는 DNA/RNA 바이러스의 조성, 군집구조, 종다양성을 조사하고, 메타유전체 분석을 통해 숙주와의 작용을 조명함으로써, 다양한 환경 속 바이러스 생활사를 이해하기 위한 연구를 수행하고 있다.
장내 바이롬 연구
장내미생물체의 주요 구성원인 바이러스 군집의 기능과 역할을 조명하고, 숙주세균과의 상호작용을 규명하고자 한다. Advanced metagenomics를 활용하여 개별 유전체 단위에서 바이러스-세균 작용관계를 분석함으로써, 소화기관 내 바이러스의 생태학적 역할을 밝히는 연구를 수행하고 있다.
장내 마이크로바이옴 연구
장내 미생물체(Gut microbiome) 연구는 인체에서 일어나는 다양한 생리활성을 미생물체(Microbiome)라는 공생미생물을 중심으로 이해하는 것을 목적으로 한다. 면역시스템, 대사활성, 식이의 변화에 따라 소화기관 내 미생물체의 조성, 군집구조, 종다양성, 기능유전체, 작용관계 등의 변화를 분석하여 장내미생물체의 역할을 이해하기 위한 연구를 수행하고 있다.
연구실 소개
미생물생태학은 해수, 담수, 토양, 대기, 식품, 인체 등에 존재하는 다양한 미생물의 존재, 분포, 조성, 기능을 연구하여, 생태계 내 미생물의 역할을 이해하기 위한 기초 학문이다. 특정 환경에 어떤 미생물이 살고 있고, 내·외부 자극에 대하여 미생물-미생물 작용에 따른 미생물 군집이 어떻게 변화하며, 미생물 변화가 주변 환경 및 인체에 어떤 영향을 미치는지 연구하는 것이 주요 관점이다. 본 연구실은 미생물 군집유전체 분석법인 메타유전체학(metagenomics)와 메타전사체학(metatranscriptomics), 대규모 유전체 염기서열을 분석하는 차세대 염기서열 분석법(next-generation sequencing), 군집 내 미생물 상호작용을 체계적으로 해석하는 시스템 미생물학(microbial systems biology), 종간 유전체 비교를 통해 유전체 단위에서 미생물 특징을 밝히는 비교 유전체학(comparative genomics)을 활용하여, 미생물을 중심으로 다양한 환경의 생태계를 이해하고자 한다.
경력
2015-2018 : 경희대학교 생물학과 학술연구교수
2018-현재 : 충남대학교 미생물·분자생명과학과 조교수
연구업적
Hyun DW§, Min HJ§, Kim MS§, Whon TW, Shin NR, Kim PS, Kim HS, Lee JY, Kang W, Choi A, Yoon JH, Bae JW (2018) Dysbiosis of inferior turbinate microbiota is associated with high total IgE levels in allergic rhinitis patients. Infect. Immun. 86(4):e00934-17 (§co-first authors)
Kim MS, Bae JW, Park EJ (2018) Geographic and host-associated variations in bacterial communities in the floret surfaces of field-grown broccoli. Appl. Environ. Microbiol. 84(8):e02837-17
Kim MS, Bae JW, Park EJ (2018) Post-harvest processing decreases the richness of bacterial taxa in the phyllosphere of broccoli. J. Appl. Microbiol. 125(1):295-305
MacKeeper
Kim MS and Bae JW (2018) Lysogeny is prevalent and widely distributed in the murine gut microbiota. ISME J. 12(4):1127-1141
Kim MS and Bae JW (2016) Spatial disturbances in altered mucosal and luminal gut viromes of diet-induced obese mice. Environ. Microbiol. 18(5):1498-1510
Yang JY§, Kim MS§, Kim E§, Cheon JH§, Lee YS, Seo SU, Lee SH, Kim Y, Shin SH, Choi SS, Kim B, Chang SY, Ko HJ, Bae JW and Kweon MN (2016) Enteric viruses ameliorate gut inflammation via the TLR3 and TLR7-mediated interferon-β production. Immunity. 44(4):889-900 (§co-first authors)
Kim MS§, Whon TW§ and Bae JW (2013) Comparative viral metagenomics of environmental samples from Korea. Genomics & Inform. 11(3):121-128
Kim MS, Hwang SS, Park EJ and Bae JW (2013) Strict vegetarian diet improves the risk factors associated with metabolic diseases by modulating gut microbiota and reducing intestinal inflammation. Environ. Microbiol. Rep. 5(5):765-75
Whon TW§, Kim MS§, Roh SW, Shin NR, Lee HW and Bae JW (2012) Metagenomic characterization of airborne DNA viral diversity in the near-surface atmosphere. J. Virol. 86(15):8221-8231 (§co-first authors)
Kim MS, Park EJ, Roh SW and Bae JW (2011) Diversity and abundance of single-stranded DNA viruses in human feces. Appl. Environ. Microbiol.77(22):8062-8070
